Khi tình hình Mặt trận phía Đông không khả quan, năm 1943, quân Đức bắt đầu che đậy dấu vết tội ác mà họ gây ra ở Trung và Đông Âu và thành lập đơn vị Sonderkommando 1005 cho mục đích này. Đội đặc vụ đến Ponary tháng 12 năm 1943. Tuy nhiên, hai tháng trước đó, Gestapo tại Vilnius đã bắt đầu chuẩn bị việc này. Trước tiên là di dời cư dân các nhà gần nhất, rồi mang lượng lớn vôi clo đến địa điểm. Cuối tháng 11, các tù nhân bị đưa đến Ponary để đào xác lên và thiêu hủy.[187] Tomkiewicz viết nhóm này gồm 44 người Do Thái từ Vilnius, 38 tù binh Liên Xô và một người Ba Lan tên là Iwaszkiewicz.[188] Arad lại đưa ra con số 70 người Do Thái từ Vilnius và vùng phụ cận, 10 tù binh, 9 trong số đó là người Do Thái. Arad cũng thêm ý kiến rằng trong số các tù nhân có bốn phụ nữ nấu ăn và dọn dẹp.[189]

Tù nhân phải ở trong đường hào lớn được cải tạo thành nơi ở, chỗ nấu ăn và tủ đựng tạm bợ. Ngoại trừ nơi vệ sinh, toàn bộ được che bằng ván và hắc ín. Tù nhân chỉ có thể ra khỏi hố bằng thang do lính canh đưa từ ngoài vào.[190] Giáng sinh năm 1943, khi một nhóm tù nhân của Sonderkommando 1005 trốn khỏi Pháo đài IX ở Kaunas, quân Đức liền thắt chặt an ninh tại Ponary. Xung quanh rào dây thép gai và nhiều chỗ đặt mìn, còn tù nhân bị cùm chân.[189]

Công tác che đậy dấu vết kéo dài từ cuối tháng 11 năm 1943 đến tháng 6 năm 1944. Dưới sự giám sát của quân Đức, tù nhân mở mộ tập thể và dùng móc gắn vào cán dài 1,5 mét để kéo xác ra ngoài. Tử thi thường đang trong tình trạng phân hủy nặng, được kiểm tra răng vàng và đồ trang sức, sau đó chất thành đống và đốt. Sau khi cháy hết, tù nhân đập xương nhỏ ra, cùng với tro ném vào hố chôn tập thể rồi phủ một lớp cát lên trên. Theo lời một tù nhân Do Thái, 68.000 xác người Do Thái bị tiêu hủy như vậy vào giữa tháng 4 năm 1944.[191]

Sau một thời gian, các tù nhân quyết định liều lĩnh vượt ngục. Họ bắt đầu đào đường hầm, ban đầu sử dụng gậy và thìa, sau đó dùng hai tấm ván tường sau tủ đựng thức ăn. Tổng cộng đào được 20 m3 đất cát, họ bí mật cho vào túi và đổ đi khi làm việc.[lower-alpha 13] Sau 2 tháng rưỡi, họ hoàn thành đường hầm dài 30 mét.[193] Cuộc đào thoát hàng loạt diễn ra vào đêm 15 tháng 4 năm 1944. Các tù nhân dùng giũa kim loại tìm được trong xác chết để mở cùm và lần lượt xuống hầm.[192] Khi 25 người ra được bên ngoài, lính canh phát hiện và báo động, ngăn chặn những người còn lại. Mười hai người bị bắn chết khi đang chạy. Có 11 người thoát được đến Rừng Rudnicka và gia nhập du kích Xô Viết.[194][195]

Để tiếp tục hành động xóa dấu vết, quân Đức đã đưa 70[196] hoặc 86[197] người Do Thái từ nhà máy Kailio tới. Tháng 7 năm 1944, ngay trước khi Hồng quân tới, tất cả tù nhân đều bị giết.[196]

Năm 2016, các nhà khảo cổ phát hiện dấu tích một đường hầm ở Ponary, mà các tù nhân của Sonderkommando 1005 đã sử dụng để đào thoát.[198]